Vzácné barokní varhany štěpánovského farního kostela mají pohnutou historii. Nástroj postavil v r. 1732 varhanář Johann Gottfried Halbich ml. (1684 Horní Hedeč u Králík-1736 Praha), významný mistr varhanář z Králík. Nástroj byl zhotoven pro poutní kostel Panny Marie v Branné (tehdy Goldenstein – Kolštejn), který byl v době josefinských reforem zrušen a následně zbořen. Z tehdy patrně velkého a významného kostela se dochovaly pouze varhany, které byly za dramatických okolností, kdy jim je kolštejnští občané nechtěli vydat, v r. 1791 převezeny do Štěpánova za pomoci místních sedláků varhanáři Josefem a Klaudiem Staudingerovými z Andělské Hory za 150 zl. a byly dle pramenů uvedeny do „bezvadného stavu“. Od varhanáře J. G. Halbicha ml. se nám do dnešních dnů plně dochovaly pouze chórové varhany z r. 1734 v premonstrátském opatském kostele v Želivi a částečně nástroje z r. 1730 u Panny Marie Sněžné v Olomouci a ve farním kostele v Lanškrouně.
V r. 1848 byly varhany generálně opraveny Klaudiem Kapsem (? 1816-1850) za 386 zl. Tento varhanář nástroj kompletně přeladit do komorního tónu a zhotovil dva nové rejstříky (Gambu a Portunál). Dalším varhanářem, který do nástroje výrazně zasáhl, byl v r. 1892 František Maretka z Olomouce za 180 zl.; byly zhotoveny nové klaviatury, nápisy na rejstřících, lavice a pedálnice. Ve 20. stol. proběhlo na varhanách několik oprav, některé však nebyly příliš kvalitní a vedly k následné devastaci nástroje, jeho odstavení z provozu a zakoupení náhražky liturgického doprovodu v podobě digitálních elektronických varhan. Od r. 2008 začalo z podnětu tehdejšího duchovního správce P. Stanislava Čevely probíhat náročné a nákladné restaurování, které mělo za cíl obnovit nástroj v jeho původní barokní kráse a velikosti. Řada dílů a píšťal se musela zhotovit nově jako restaurátorské kopie dle dochovaných součástí varhanáře J. G. Halbicha ml.; celého restaurování se skvěle zhostil varhanář-restaurátor Rudolf Valenta z Prahy-Zbraslavi, a tak se může nástroj opět po 285 letech rozeznít k větší cti a slávě Boží.
Jan Gottwald, organolog Arcidiecése olomoucké, 2017
KK
SOUČASNÁ DISPOZICE VARHAN
I. Manuál – Positiv, uvnitř stroje, C–c3 s krátkou oktávou, 45 tónů a kláves
Portunal Fuss Lg, otevřený
Copula maior 8 Fuss Lg, krytá
Quntadena 8 Fuss Sn, krytá
Fugara 4 Fuss Sn, otevřená,
Copula minor 4 Fuss Lg, krytá, od c1 Sn krytá
II. Manuál – HAUPTWERK, hlavní stroj, C–c3 s krátkou oktávou, 45 tónů a kláves
Principal 8 Fuss Sn, otevřený, prospekt
Gamba 8 Fuss C-H Lg, otevřená, od c Sn otevřená,
Octava 4 Fuss Sn, otevřená
Quinta 3 Fuss Sn, otevřená
Superoctava 2 Fuss Sn, otevřená,
Rauschquinta 2 fach Sn, otevřená, dvojřadý rejstřík 1 1/3´+1´, repetující,
Tertian 2 fach Sn, otevřený, dvojřadý rejstřík 4/5´+2/3´, repetující,
Mixtura 4 fach Sn, otevřená, čtyřřadý rejstřík ½´+2/5´+1/3´+1/4´, repetující
Pedál, C–a s krátkou oktávou, 12 tónů, 18 kláves
Subbass offen 16 Fuss Lg, otevřený
Octavbass 8 Fuss Lg, otevřený
Quintbass 6 Fuss Sn, otevřená
Superoctavbass 4 Fuss Lg, otevřený