Varhany byly postaveny neznámým varhanářem před rokem 1715. V roce 1912 původní stroj odstranil pražský varhanář Josef Hubička, použiv skříň jako kulisu pro nový nástroj postavený na chatrné trámové konstrukci při zadní stěně kůru. Tyto varhany mechanické soustavy kuželkové s pneumatickou registraturou byly při prohlídce v roce 2012 shledány nejen podřadnými, ale červotočem a opotřebením.

Podle sdělení organologů Tomáše Horáka, Petra Koukala a Štěpána Svobody se zatím nepodařilo stavitele krásnohorských varhan určit. Dosavadní průzkum zatím potvrdil jen dobu stavby před rokem 1715 Ani analýza tvaroslovných prvků k přesnějším závěrům nevede, tato skříň je v rámci celých Čech i Moravy jedinečná. Zjevná je její vysoká řemeslná úroveň jakož i nezvykle bohatá řezbářská výzdoba.

Podle dochovaných otvorů pro registraturu umístěných ve dvou vertikálních řadách po stranách manuálové klávesnice v čelní stěně postamentu měl nástroj původně deset rejstříků. Tentýž počet je potvrzen nálezem otisku registrační traktury ve skříni s osmi posicemi pro klátidla manuálu a dvěma pro pedál. Z původních rejstříků se dochoval  pouze čtyřstopový Principal stojící v prospektu, který Josefu Hubičkovi posloužil jako součást kulisy. Podle sdělení Tomáše Horáka a Petra Koukala byly varhany v průběhu 18. a 19. století několikrát opravovány, přičemž jediný, a to dost nejednoznačný záznam disposice pochází až z roku 1853, kdy opravu navrhoval Josef Hollada. Rejstříky označil takto:

Manuál
Portunal 8´, Copula major, Copula major, Principal 4´, Flauta 4´, Dulcia 4´, Quinta 3´, Octava 2´, Mixtura 4x

Pedál
Subbas 16´, Octav Bass 8´

Vzhledem k dalším náznakům v Holladově návrhu je velmi pravděpodobné, že tato disposice už nezachycuje původní stav, především však předpokládá osazení relativně velkých píšťal na malou plochu původní vzdušnice. Tato zjištění a úvahy vedly rekonstrukci disposice v podobě, kterou uvádíme níže.
(Text: Restaurátorská zpráva Dalibora Michka, 2018)

DISPOZICE VARHAN PO RESTAUROVÁNÍ

Manuál
Copula major, Principal, Fugara, Quinta, Octava, Quindecima, Sedecima, Mixtura 4x

Pedál
Violon Bass, Octav Bass