Raně barokní klášterní chrám při piaristické koleji, jedna z prvých staveb tohoto slohu na Mladoboleslavsku, byl dokončen roku 1673. Nejprve byl patrně pořízen pozitiv. Roku 1697 byly štědrostí fundátora pořízeny desetirejstříkové varhany, které postavil zde tehdy krátce usazený saský varhanář Jan Dressel. Tyto varhany byly roku 1869 uznány za neschopna opravy.
Nové varhany postavil Karel Schiffner v roce 1870. Jednalo se o dvoumanuálové dobově moderní varhany mechanického zásuvkového systému s devatenácti rejstříky (10 – 5 – 4). Ze starého nástroje použil varhanář některé píšťaly (a snad i skříň či její část ?) pro varhánky do Debře. Kosmonoské dílo udržoval a ladil v letech 1872, 1874, 1876 či 1878.
Roku 1906 nástroj rekonstruoval Josef Kobrle, který provedl dispoziční změny a výměny některých (zejména smykavých) hlasů. Rekvizice připravila 21. 1. 1918 dílo o cínové prospektové píštaly osmistopého principálu o váze 72kg. Ty nahradily zinkové v roce 1928.
V devadesátých letech 20. století byly cenné historické varhany generálně opraveny dílnou R. Stehlíka z Rohatců. Při té byly sice osazeny nové cínové píšťaly v průčelí, avšak jinak se nejednalo o pietní stylovou renovaci. Kvalitní raně romantické dílo má rozměrnou ještě klasicistní skříň, oživenou barokními plastikami z předchozího nástroje.
Hrací stůl je vestavěn zpředu v podstavci, firemní štítek je český. Manuály mají rozsah C–d 3, pedál C–c 1, obé vybaveny spojkou. Na místě pedálové kvinty šumivé se dnes nalézá zinkový violonbas 8. Nový je elektroventilátor a plovákový měch a bohužel i klaviatury a pedálnice, vyměněné při poslední opravě. Pedálový violon bas je dřevěný, úzké menzury. Poněkud překvapí, že varhanář ponechal pedálové píšťaly, vyčnívající po obou stranách za varhanní skříní, v horní části nekryté, což zhoršuje estetic ký dojem z jinak proporčně uměřené klasicistní skříně.
PŮVODNÍ DISPOZICE VARHAN Z ROKU 1870
I. Manuál (C–d3)
Bourdun 16′, Principál 8′, Fl. dvojitá 8′, Portunal 8′, Viola di gamba 8′, Oktáva 4′, Fl. dvojitá 4′, Kvinta 2 2/3′,
Sub Octav 2′, Mixtura 2 2/3′, 5x
II. Manuál (C–d3)
Flauta amabile 8′, Salicionál 8′, ? (dnes Aeolina 8′), Piffaro 4′, Flauta dolce (kov) 4′, Violino 2′
Pedál (C–c1)
Violonbas 16′, Subbas 16′, Oktávbas 8′, Kvinta šumivá 5 1/3′ + 4
