Jörg-Andreas Bötticher se narodil v Berlíně v roce 1964 a studoval starou hudbu na Schola Cantorum Basiliensis v Basileji (1983–1990). Svá studia zakončil diplomem z varhan a cembala ve třídách Jeana-Clauda Zehndera a Andrease Staiera. Získal také rozsáhlé školení v hudební teorii a pokračoval v postgraduálním studiu cembala a basso continuo u Jespera Christensena a Gustava Leonhardta.

Po dlouhé spolupráci s Jeanem Tubérym a La Fenice a se švýcarským komorním souborem Die Freitagsakademie nyní vystupuje jako sólista, v duu s houslisty jako Chiara Banchini, Plamena Nikitassova a Hélène Schmitt a se soubory jako La Cetra, Akademie für Alte Musik Berlín. Jeho hudební kariéra ho zavedla do mnoha částí Evropy a také do Severní a Jižní Ameriky.

Jako dirigent řídil například opery Acis a Galatea (Händel) a Dido a Aeneas (Purcell), několik rozsáhlých duchovních děl, mj. Brockesovy pašije G. H. Stölzela a více než 100 kantát J. S. Bacha.
Od roku 1997 je profesorem hry na cembalo na Schola Cantorum a vyučoval ranou interpretační praxi na Musikhochschule v Basileji; od roku 2006 také vyučuje hru na varhany na Schola Cantorum.

Pravidelně je zván na mistrovské kurzy a přednášky na konzervatořích v Berlíně, Frankfurtu, Karlsruhe, Lipsku, Lucernu, Curychu, Praze a Varšavě. Kromě toho je varhaníkem Predigerkirche v Basileji, který je známý svými třemi historickými varhanami. Jeho nahrávky jako sólisty i jako komorního hráče kritiky vřele chválí.

Často působí jako člen poroty mezinárodních varhanních soutěžích, např. varhanní soutěži Paula Hofhaimera v Innsbrucku, varhanní soutěži ve v Alkmaaru a Grand Prix Bach v Lausanne.
Jeho muzikologické publikace (např. článek o basso continuo v hudebním slovníku MGG) ukazují různé aspekty jeho hudebních zájmů, které jsou vyvážené mezi vystupováním a teoretickými úvahy.